金州新区海洋与渔业局设四个内设机构。

（一） 综合处（党委办公室） 联系电话：87690097

负责机关日常工作的协调和督办；拟订各项工作规则和制度；组织协调重大问题的调查研究和综合分析；负责文电、会务、人事、财务、机要、档案、政务公开、信息、保密、信访、计划生育、安全保卫等工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作；负责海洋与渔业系统应急协调监督工作。
负责全局党务工作。

（二）法规处 联系电话：87693455

负责推进海洋与渔业法制建设和协调依法行政工作；组织起草海洋与渔业地方规范性文件；承担规范性文件的合法性审查工作；承办海洋与渔业行政审批审核项目及收费项目的相关审查工作；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作。

（三）渔业处 联系电话：87695127

负责渔业发展规划和渔业生产计划的制定以及渔业生产统计工作；核发水域、滩涂养殖证；负责水产苗种的监督管理工作，核发水产苗种许可证；拟订水产养殖生物疫病监测和控制计划；组织水生动植物病害防控工作；负责渔业养殖病害防治网络体系建设与管理；组织、监督、管理增殖放流和海洋牧场示范区建设；组织渔业生产抗灾救灾。

依法监督管理全区水产品质量安全工作，组织实施无公害水产品产地认定和认证监督管理；负责渔业新品种保护；负责水产技术推广体系改革与建设；组织渔民从业技能和渔业劳动力转移就业培训；贯彻水产品加工业相关政策，指导水产加工业发展，组织水产品质量安全的监督管理和查处违法活动；负责水产品养殖中的药物使用、药物残留和监督管理；推行水产品市场准入工作，做好水产加工业调查研究。

（四）海洋处 联系电话：87671001、87690700

负责海域使用和无居民海岛使用的监督管理工作；落实海域使用的管理政策与技术规范；组织实施海洋功能区划、海岸带保护与利用规划、围填海计划及海岛保护规划；承担海域使用项目的审核、监督管理及海域使用权登记；承担无居民海岛的开发、建设、保护与管理；发布海岛对外开放和保护名录；依法征收海域使用金；组织海域使用和海岛使用的论证评估；组织实施海岸线修测及海域勘界；管理海底电缆管道铺设。

负责海洋环境的调查、检测、监视和评价，编制海洋专项环境信息和公报；会同有关部门组织拟订海洋环境与整治规划、标准、规范，拟订污染物排海标准和总量控制制度；监督陆源污染物排海；承担海洋油气勘探开发、海洋倾废和海洋工程建设项目对海洋环境污染损害的防治工作；承担海洋生态损害的索赔工作；监督海洋生态环境保护；负责海洋自然保护区和特别保护区的监督管理；负责海岛生态保护；核准海洋工程建设项目、审核海岸工程建设项目的环境影响报告书；承担海洋环境观测、灾害预报警报和评价工作；编制、发布海洋灾害公报和海平面公报，指导开展海洋自然灾害影响评估；组织开展海洋领域应对气候变化工作。